古琴音乐的节奏很少有固定规律，与三拍子、四拍子等现代都市人习惯之节奏形式大异其趣，亦与部分东方音乐常用的复拍子很不同，常令初听者摸不着头脑，这也是琴曲特色之一。
自由拍子，又称散板，常见于中国戏曲和原始民歌，亦是琴曲常用之节奏，多用于乐曲起头和结尾之一句或一段，或乐曲高潮部分，也间有全曲用散板。
如传统曲《龙翔操》，五分钟全用散板，跟西方古典乐曲相比，别有一番风味；散板给人的感觉是无拘无束，自由洒脱，适合细诉衷情或舒怀狂歌；用在乐曲之首或尾，则从容舒泰，令人回味。
有节拍的琴曲，段落与乐句之长短亦很自由，没有“每段四句、每句四小节”之老套，这有如词曲甚至散文，较少束缚感而更能畅所欲言。
中国戏曲虽也常用长短句，但节拍仍有规律，如“一板三眼”等形式，古琴曲则连节拍也变化多端，没有固定规律，多用切分，甚至有“偷半拍”之情况；有时一长句连绵不绝，不能划分小节；亦有时候在重拍处用虚音而弱拍处用实音；这般多样之变化主要不是表达节奏感，而是利用这些变化带出乐曲跌宕写意之趣。
原本不规则之节奏，加上要求琴曲不断蜕变的传统，使琴家在处理乐曲时，可适量地改变节奏，这可以是即兴的，或非即兴的；因此，同一乐曲由不同琴家弹奏，会令听众有意外之惊喜和新鲜感，效果是更写意和表达自我。
这不规则之节奏，亦大大增加了五声或七声音阶创造旋律的可能性，使旋律更多样化，内容更丰富。
在乐曲整体结构方面，传统琴曲很少用近代民乐作品常用之“慢快慢”或“快慢快”三段体；琴曲篇幅不论大小，都常用散板或慢板起曲，入拍后主体部份一气呵成，常有不着意的渐快，但很少有突变的速度；渐快的速度，配合主题自由的变奏，和不断新加入的乐句，逐渐引入高潮，最后尾声回复散板结束。这样起结之从容，变化之不著意，和乐曲之一体性，都可能跟中国哲理感受有点关系。
琴乐之特点，尚包括音阶、调式、旋律结构、曲式、演奏形式和音乐内容等等音乐层次之因素。
琴家想启现到琴乐之美，除了要掌握弹奏技巧和音乐层次之特色，还要理解古琴文化历史背景、流派风格和美学观点各层面。最重要的，更是对中国整体文化艺术之体验，对中国哲学之领悟，和琴家之个人修养。
这如引子所述，作为音乐以外的因素，不但可以影响琴乐意境之感受，这些因素，还影响音乐之表达；如果修养不足，掌握音乐技术只成琴匠，反过来，弹奏者如只有文化修养，而缺乏技术或对音乐层次之理解，则成自我陶醉，而不能有效地表达音乐境界。
古琴音乐作为中国文化长青树之一，是有其独特理由的，今喜见这长青树在本世纪末再度茂盛，希望琴乐在下世纪能继往开来，让更多人理解和欣赏，成为世界文化之奇葩。
